การทำงานของ FOBI ได้รับการปรับปรุง ความไวของกล้องดีขึ้นประมาณ 3 เท่าและแหล่งกำเนิดแสงกระตุ้นยังแรงกว่าเดิมถึง 10 เท่า นอกจากนี้ FOBI 2 ยังช่วยลดการรบกวนของภาพเรืองแสงโดยการเปลี่ยนตำแหน่งของแหล่งกำเนิดแสง (มุมแสง: 67ºถึง45º) นอกจากนี้ยังมีการเพิ่มเตียงทำความร้อนเพื่อป้องกันสิ่งมีชีวิตทดลองจากอุณหภูมิ